根據DNA擴增的目的和檢測的標準可以將PCR儀分為普通PCR儀，梯度PCR儀，原位PCR，實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀等幾類(lèi)。
1、普通PCR儀
一般把一次PCR擴增只能運行一個(gè)特定退火溫度的PCR儀，稱(chēng)之為普通PCR儀。如果要用它做不同的退火溫度則需要多次運行。主要是用作簡(jiǎn)單的，對目的基因退火溫度的擴增。
主要應用于科研、教學(xué)、臨床學(xué)、檢驗、檢疫等。
2、梯度PCR儀
一次性PCR擴增可以設臵一系列不同的退火溫度條件（通常12種溫度梯度）的稱(chēng)之為梯度PCR儀。因為被擴增的不同的DNA片段其*適合的退火溫度不同，通過(guò)設臵一系列的梯度退火溫度進(jìn)行擴增，從而一次性PCR擴增*可以篩選出表達量高的*適合退火溫度進(jìn)行有效的擴增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣既節約時(shí)間，也節約經(jīng)費。在不設臵梯度的情況下亦可當做普通的PCR用。真正的梯度，是每一排管都有*的加熱控溫探頭，2009年為止只有美國ABI公司可以做到。其他的都是從兩頭的熱傳遞來(lái)設計控溫。
梯度PCR儀多應用于科研、教學(xué)機構。
3、原位PCR儀
（有些品牌的PCR儀具有普通PCR、梯度PCR、原位PCR的功能，通過(guò)替換模塊進(jìn)行多用途開(kāi)展實(shí)驗工作）
是用于從細胞內靶DNA的定位分析的細胞內基因擴增儀。如病原基因在細胞的位臵或目的基因在細胞內的作用位臵等?？杀３旨毎蚪M織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在的位臵進(jìn)行基因擴增。不但可以檢測到靶DNA，還能標出靶序列在細胞內的位臵。于分子和細胞水平上研究疾病的發(fā)病機理和臨床過(guò)程及病理的轉變有著(zhù)重大的實(shí)用價(jià)值。
4、實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀（fluorescencer quantitive polymerase chain reaction, FQPCR)
在普通PCR儀設計基礎上增加熒光信號激發(fā)和采集系統和計算機分析處理系統，形成了具有熒光定量PCR功能的儀器。其PCR擴增原理和普通PCR擴增原理相同，在PCR擴增時(shí)加入的引物是利用同位素、熒光素等進(jìn)行標記，使用引物和熒光探針同時(shí)與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過(guò)熒光信號采集系統實(shí)時(shí)采集信號連接輸送到計算機分析處理系統，得出量化的實(shí)時(shí)結果輸出。
熒光定量PCR儀有單通道，雙通道和多通道之分。當只用一種熒光探針標記的時(shí)候，選用單通道；有多種熒光標記的時(shí)候使用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記和目的基因表達產(chǎn)物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR，實(shí)現一次檢測多種目的基因的功能。
實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀主要應用于臨床學(xué)檢測、生物藥研發(fā)、食品行業(yè)、科研院校等。
實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀＋實(shí)時(shí)熒光定量試劑+通用電腦+自動(dòng)分析軟件，構成PCR-DNA/RNA實(shí)時(shí)熒光定量檢測系統。
